空气藏匿生命密码:环境DNA技术开启生态监测新纪元

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在看似空无一物的空气中,其实潜藏着无数生命的独特印记。动物脱落的皮屑、植物飞扬的花粉、真菌散播的孢子,乃至人类呼吸时排出的微小颗粒,都可能将携带遗传信息的物质释放到大气中。如今,科学家已能通过采集并分析这些漂浮在空中的环境DNA(environmental DNA, eDNA),快速识别某一区域内曾有哪些生物活动,甚至揭示物种间的遗传联系。这项技术不仅革新了生态学研究方法,也为疾病传播监控、基因变异追踪以及公共卫生预警提供了全新视角。

2025年6月,美国佛罗里达大学惠特尼海洋生物科学实验室在《自然·生态与演化》上发表了一项突破性研究。该团队采用前沿的基因测序策略,对空气中的遗传物质进行高效解读,仅用两天时间即可生成涵盖动植物、微生物及人类遗传特征的精确图谱。

环境DNA广泛分布于水体、土壤和空气中,如同自然界的“无形档案”,忠实记录着生物的活动轨迹。传统生态调查往往依赖实地采集样本,再将所得DNA与已知物种数据库逐一比对。这种方法虽较为成熟,却存在明显局限:只能检测预设目标物种,难以发现未知生物,也无法分辨同一物种内部的遗传差异。

为突破这些限制,研究团队转向以空气为媒介,结合“鸟枪法”测序与纳米孔长读长技术展开分析。鸟枪法将环境中的DNA随机切割为大量片段,经测序后借助算法重新拼合,从而还原完整的基因信息。该方法不预设检测对象,能无差别捕获样本中所有DNA,更真实地反映生物多样性。早在人类基因组计划时期,鸟枪法就因其高效性备受关注。尽管当时因拼接精度问题一度被主流项目排斥,但私营机构通过该方法在三年内近乎与国际团队同步完成基因组图谱,充分证明了其潜力。

然而,鸟枪法产生的短序列片段重复性高,对计算资源要求大,尤其在处理复杂环境样本时面临挑战。为此,研究人员引入纳米孔测序技术作为辅助。该技术由英国牛津纳米孔公司研发,自2015年投入商用以来,以其长读长能力著称。其原理是通过检测DNA分子穿过纳米级孔道时引起的电流变化,直接识别碱基序列,无需分段扩增。目前该技术已实现单条序列超过400万碱基对的连续读取,远超传统技术的几百碱基限制,极大简化了基因组组装过程。此外,纳米孔设备MinION仅手掌大小,便于野外使用,可与笔记本电脑连接实现实时数据分析,使现场快速检测成为可能。

研究团队于2022至2024年期间,在美国佛罗里达自然保护区及爱尔兰都柏林等多个地点采集空气样本,并以传统水体、土壤样本作为对照。结果发现,空气样本中所含真核生物DNA的种类和数量均显著高于其他介质,几乎所有气样均成功检测出鸟类、哺乳类及昆虫类DNA。在佛罗里达森林的空气中,不仅识别出山猫、负鼠、白尾鹿等当地动物,还通过基因比对推测出它们的亲缘关系,显示出空气DNA在遗传层面分析的独特优势。

城乡环境的对比同样引人注目。都柏林市中心的空气样本中的人类DNA含量远超森林地区,共识别出80多种不同遗传背景的个体,涵盖欧洲、南亚等多个人类谱系,而森林区域仅检出8种。城市空气中人类遗传物质的浓度更是森林的十倍以上。这表明,空气DNA分析可用于评估人口密度和群体构成,为城市治理与公共政策制定提供新依据。

此外,空气中还隐藏着更多与人类健康相关的信息。在都柏林的样本中,科学家检出63种病毒和221种潜在病原体,以及来自微生物的抗生素耐药基因。随着城市化、集约化养殖和医疗活动增加,耐药基因的扩散风险日益上升。对城市、农场或医院周边空气进行持续监测,有望成为追踪耐药基因传播、防范公共卫生风险的有效手段。

同样值得关注的是,空气中还能捕获疾病媒介生物的痕迹,如蚊、蠓等传播登革热、寨卡病毒的昆虫DNA。这意味着即使未直接捕获昆虫,也能通过气样分析实现对其分布范围的监控,提升对传染病的预警能力。研究还发现,城市空气中常含有花生等食物的DNA,可用于过敏原监测;不同年份气样中罂粟DNA浓度的变化,则提示该方法在禁毒工作中的潜在价值。

这些成果显示,空气DNA技术能动态、全面地揭示局部生态系统的运行状态。而鸟枪法、便携式测序设备与云端分析平台的结合,使得小型团队甚至个人都有能力开展相关监测,大大拓宽了应用场景。未来,空气DNA分析或将成为一项如同气象观测般常规的环境调查手段。

然而,技术的飞速发展也伴随伦理与社会挑战。例如,空气中的人类遗传信息若被不当使用,可能引发个人隐私泄露等风险。在推动技术广泛应用的同时,社会亟需就其使用边界与监管规范展开深入讨论,以确保科技进步真正造福于人。

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